ウォーターサーバーは正しく使わないと衛生的じゃない?

本末転倒ですね。
水道水に不満があるからウォーターサーバーを選択したのでしょうが、そんなことをするくらいなら、解約した方がお金がかかりませんよ。
それでも水道水を入れたいのなら方法は簡単です。
空になったボトルを取り外さずに、底の部分に穴をあけて水道水を注入するだけでOK!水を入れ終わったら、テープで穴に蓋をしておけばホコリやゴミが入らないので衛生的(?)です。
ただし、業者がボトルを回収しに来たときに何と良いわけをするかが最大の関門ですね。
一方、使い捨てタイプのウォーターサーバーの場合は、ちょっと困難です。
アクウィッシュやフレシャスのサイフォンタイプのようにウォーターパックの口にアタッチメントを取り付けるタイプなら、パックの口を広げて水を再注入できると思いますが、フレシャスdevoのようにニードルでパックに穴を開けるタイプだとお手上げです。